All'accensione della fotocamera l'occhio si rivolge automaticamente allo schermo dell'apparecchio, come di consueto Nikon protegge il monitor lcd con una cover plastica trasparente. Una delle novità gradite è la possibilità di riassumere le impostazioni di ripresa più importanti. Con un colpo d'occhio si ha un quadro completo dei settaggi della fotocamera, le varie voci non sono accessibili da pannello ma bisogna comunque ricorrere agli appositi comandi.
D'altra parte le impostazioni immagine quali riduzione del rumore per pose prolungate, riduzione del rumore ad alti iso, preset colore, ecc. sono modificabili navigando nella barra in basso allo schermo. Questo aspetto evita di dover cercare le voci relative all'interno del menu vero e proprio, operazione lunga anche se le schede sono ben organizzate.
Il menu principale viene raggiunto tramite la pressione del tasto relativo posto sulla sinistra dello schermo lcd: una barra laterale suddivide le voci in schede che raccolgono le opzioni riguardanti gli ambiti di revisione, ripresa, personalizzazioni, impostazioni, ritocco ed una scheda che raccoglie le impostazioni modificate di recente.
La scheda ritocco è un'altra delle novità che equipaggia la Nikon D90, è possibile effettuare una postproduzione basilare degli scatti, a partire dall'eliminazione occhi rossi fino al raddrizzamento prospettico della distorsione fisheye. Bilanciamento colore, sovrapposizione immagini e sviluppo raw, sono altre delle caratteristiche concesse dalla schede di ritocco.
