Il fondo della fotocamera non presenta accessi a parte l'innesto femmina filettato da 1/4" per il cavaletto e lo scomparto batteria. Lo sportellino non è isolato da umidità e polvere, bisogna quindi porre attenzione alle potenziali infiltrazioni. La batteria dedicata che assicura l'alimentazione è agli ioni di litio, modello En-EL3e.
Il lato sinistro è invece occupato dall'inserto gommato che protegge le prese di alimentazione remota, USB2.0, HDMI e uscita video. L'ultimo connettore in basso è dedicato al modulo GPS opzionale che è possibile montare sulla slitta a contatto caldo e connettere alla fotocamera tramite l'apposito cavo. Nikon D90 ospita schede di memoria SD/SDHC fino a 32 GB di capacità, il lato destro presenta lo slot di inserimento della scheda di memoria ed appena poco più in basso l'altoparlante utile alla revisione dei filmati acquisiti.
Il frontale dell'apparecchio riporta sulla sinistra della baionetta i pulsanti di attivazione flash integrato e compensazione dello stesso, il tasto di regolazione del bracketing ed il selettore di messa a fuoco tra manuale ed automatica. Sul lato destro il tasto "Func" può essere programmato secondo le esigenze, noi lo abbiamo trovato molto utile per la gestione del passaggio tra modalità Matrix 3D a normale multipunto. Più in basso il tasto di previsualizzazione della profondità di campo. La baionetta ospita lenti Nikon F e supporta pienamente anche i vetri micro Nikkor.
